代扣代缴增值税通过应交税费—代扣代缴增值税科目核算。支付费用的时候，

借：成本或者费用科目，应交税费—应交增值税(进项税额)，

贷：银行存款，应交税费—代扣代缴增值税。实际缴纳税款的时候，

借：应交税费—代扣代缴增值税，

贷：银行存款。