樋口一叶的肖像被印在日元纸币上主要是因为她在明治时期，创作了许多深刻反映社会底层人民悲惨生活的作品，引起了巨大的反响。她的肖像被印在5000元面额的日元纸币上，以表彰她对日本文学的杰出贡献和对社会底层人民的关注。