区别如下：

一、词性不同

1、What day istoday词性：What day istoday中today是时间状语。

2、whatis today词性：Whatis today中today是名词。

二、侧重点不同

1、Whatistoday侧重点：用作不可数名词时，意思是“今天”，只指白天，不指黑夜。

2、what day is today侧重点：一般用作主语，用作定语时多用其所有格。