济宁汽车总站通常指的是济宁市内的主要汽车客运站，即济宁汽车南站。这是因为济宁汽车南站是市内最大的汽车客运站之一，承担着大部分城市内外的客运任务，包括长途班车、市内公交和城际客运等。济宁汽车北站虽然也是城市的一个重要客运站，但通常在提及"济宁汽车总站"时，指的还是南站。因此，一般情况下，济宁汽车总站指的是汽车南站。