"In this way" 是指按照某种方式或者方法去完成某件事情，强调的是方法本身。例如：We will solve the problem in this way. （我们将用这种方法解决问题。）

而 "in my way" 是指按照某个人自己的方式或者方法去完成某件事情，强调的则是个人的方式或者方法。例如：I like to do things in my way. （我喜欢用自己的方式做事。）

可以看出，在某种情况下它们是可以互换的，但是语境和语气的不同会影响使用情况。