最基本的染色的方法苏木素-伊红染色，又称作是HE染色。这种染色是在各大病理科中比较常用的，而且也是在临床中使用最广泛的。苏木素是一种碱性染料，可以与含有酸性物质的细胞核结合，使之染成蓝色，伊红是一种苯胺类的染料，呈酸性，可以与含有碱性物质的细胞质结合，把细胞质染成红色。