中科院动物研究所目前有四个研究部门，分别是动物进化与系统学研究组、动物生态与保护研究组、动物分子生物学研究组和动物行为与认知研究组。

这些研究组主要从不同角度研究动物的进化、系统学、生态、保护、分子生物学、行为和认知等方面的问题，探讨动物在自然界中的生存和适应策略，为保护和利用动物资源提供科学依据。同时，这些研究组还致力于培养和培训青年科学家，推动动物学科学的发展。