名侦探柯南1000话以后的主线剧集如下

1009-1011 充满谜团的鸡尾酒

1028-1031 目标是警视厅交通部

1040-1041 基德对高明 被盯上的嘴唇

1050-1052 替身京极真

1060-1062 36宫格的完美犯罪 // 朗姆性格曝光

1068-1069 挖野草与四叶草 // 柯南发现若狭留美右眼有问题

1075-1077 藏不住的古董盘

1081-1082 大冈红叶的挑战书

1086 **学校篇 疯狂**故事 松田阵平篇//先导篇

1090-1092 太阁名人的将棋盘。