1、质量差别棚改房往往建设利润有限制，所以建筑商只能以偷工减料来增加利润。加上部分职能部门的监管不力，造成一些棚改房的质量不如商品房。当然也有比较负责的示范工程，质量相对较好的棚改房，但并不多。2、产权差异许多的棚改房并不是完全产权，即有完全的房屋所有权，却未必有完全土地使用权。因为很多棚改房的土地性质是划拨地，没有缴纳土地出让金。而商品房则是完全产权，缴纳了土地出让金。因此棚改房再次交易时，可能会被要求补缴土地出让金。3、交易时间受限不少棚改房交易时间都有限制，即规定时间内不得上市转售。而商品房没有这些规定，只要是您买到已经办理过登记的现房，就可以上市交易。