吉首大学共有以下校区

砂子坳校区（吉大本部，俗称新吉大）：湖南省吉首市人民南路120号。

大田湾校区（吉大分校区，俗称老吉大）：湖南省吉首市大田路。

石家冲校区（吉大分校区，俗称医学院）：湖南省吉首市荣昌路18号。

雷公井校区（吉大分校区，俗称师院）：湖南吉首市雷公井10号。

张家界校区（吉大分校区，俗称老吉大）：湖南省张家界市永定区子午西路。