科目二补考费可以通过手机交管12123网上在线缴纳。

科目二补考费用手机上交的流程：（图片取自安卓系统，交管12123 V2.8.2 版本）

1、打开交管12123，注册或登录后，在首页点击“更多”选项；

2、找到“驾驶证业务”版块，找到并点击“考试费缴纳”；

3、选择所缴科目补考费项目，点击确认支付；

4、按照操作支付完成之后，需及时查看缴纳结果并进行打印补考费缴凭证。