1、价格高：电喷摩托车的相对于化油器摩托车，价格要高出好多。

2、维修难：电喷摩托车由于结构复杂，点火系统等的技术要求高，维修相对比较麻烦，花费的时间和费用也较多。

3、污染大：电喷摩托车废气排放量大，污染比较严重，虽然现在的技术已经很先进了，但是还是不能够完全达到环保的要求。

4、耗油：电喷摩托车相对于化油器摩托车来说，油耗上要高出不少，同时也会对环境造成更大的污染。

5、冬天冷启动困难：电喷摩托车在冬天的时候，冷启动困难，需要用脚踩着启动杆来助燃，让人感到很不方便。综上所述，电喷摩托车的缺点包括价格高、维修难、污染大、耗油、冬天冷启动困难等。