在一定条件下顺反子等同于基因，所以在一定条件下，他们的区别不大，但是有一些不同：

1、总体不同：操纵子是指启动基因、操纵基因和一系列紧密连锁的结构基因的总称，是转录的功能单位；顺反子是结构基因，为决定一条多肽链合成的功能单位。

2、范围不同：顺反子在原核生物和真核生物中都存在，单顺反子存在于真核生物，多顺反子存在于原核生物；操纵子虽然在真核生物中也存在，但主要存在于原核生物中。