常见的多重耐药菌如肠杆菌科中的肺炎杆菌、大肠杆菌、阴沟杆菌、粘质沙雷菌、枸橼酸菌属、志贺菌属、沙门菌属等，以及绿脓杆菌、不动杆菌属、流感杆菌等。革兰阳性菌中有甲氧西林耐药葡萄球菌(MRS)，尤以MRSA和MRSE为多；万古霉素耐药肠球菌(VRE)，在重症监护室(ICU)中的发病率有明显增高；青霉素耐药肺炎链球菌(PRSP)，常引起肺炎、脑膜炎、菌血症和中耳炎，人结核分支菌等。此外尚有淋球菌、脑膜炎球菌、霍乱弧菌等。