小米9透明版主要有以下区别：

首先，外观方面，小米9透明版采用了透明后盖设计，可以直观地看到电池包和主板的连接方式，这种设计给人一种科技感。同时，该设计也增加了电池的散热面积，有利于电池的散热管理。

其次，配置方面，小米9透明版和普通版的主要区别在于外观和散热设计。除此之外，两者在配置上并无明显差异。

最后，需要提醒的是，由于小米9透明版采用的是较薄的玻璃板，可能会存在一些指纹问题。至于价格方面，小米9透明版可能会比普通版贵一些，因为其独特的外观设计和散热管理的改进增加了生产成本。