深市沪市股票的板块不同、股票代码不同、交易制度不同、交易场所不同、构成指数不同、过户费不同、最低申购数量不同、B股标价不同等。

沪市有主板、B股和其他A股，而深市有深证成指、中小板指数、创业板指数、深证100指数和深证300指数。上证指数是加权指数，深证指数是成份指数，沪市和深市的构成指数是不同的。