事业单位二级机构的章管用。事业单位部门公章是有法律效力的，根据《中华人民共和国印章管理条例》第十二条规定，事业单位的印章应当由单位负责人或者授权人员负责保管，并按照规定使用。事业单位是国家机关的一种形式，其行为具有行政性质，因此事业单位部门公章的使用和管理受到法律的严格规范。