《活击刀剑乱舞》讲述的故事发生在文久三年，即1863年，此时正值幕末，倒幕派与佐幕派在日本全国争斗不休，而堀川国广与和泉守兼定以刀郎的身份出现在世间，同时还有陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永等同为刀郎的伙伴加入，他们的目标就是打倒妄图改变历史的“时间溯行军”，以此展开了一系列故事。