南汇区共14个镇：惠南镇、大团镇、新场镇、周浦镇、祝桥镇、泥城镇、航头镇、芦潮港镇、康桥镇、书院镇、老港镇、六灶镇、万祥镇和宣桥镇。南汇区还有几个工业区：南汇工业园区、康桥工业区、滨海度假区、惠南新城区、现代农业园区。