黑皇最后结局是：黑皇没死，后来主角离开了北斗到了地球，黑皇在不断恢复实力之后，了解到可以横渡星际的阵纹，被重伤后携囡囡消失，前去寻找叶黑，和囡囡一起到达紫薇星域。黑皇从紫山中活了这么多年，它已经是无敌的存在了。