转基因南瓜是转入抗病毒基因的品种。即不同于自然生长的南瓜，与转基因有关系。转基因南瓜是将其他植物的基因转移到南瓜中，改变南瓜的生物特性和基因。转基因食品和自然育种食品外表相似，从外观很难区分，需要基因检测进行鉴别。国家批准投入商业化种植的转基因食品有：转基因抗虫棉花和转基因抗病毒番木瓜。批准从国外进口的转基因食品有：大豆、玉米、油菜籽、棉花和甜菜，但这些食品只能用于加工原料。