1、花的区别：皱皮木瓜有3-5朵簇生于两年生的老枝上，花瓣为倒卵形或者是近圆形，颜色为猩红色，很少有淡红色或者是白色的。光皮木瓜花单生于叶腋处，花瓣为倒卵形，颜色为淡粉红色。

2、果实区别：皱皮木瓜果实为球形或者卵球形，直径约4-6厘米，黄色或者是带黄绿色。光皮木瓜果实为长椭圆形，颜色为暗黄色。