1、学科属性不同：大叶紫檀学名卢氏黑黄檀，属于红木国标中的黑酸枝木类；小叶紫檀学名檀香紫檀，属红木国标的紫檀木类。

2、产地不同：大叶紫檀产于非洲马达加斯加，而小叶紫檀主要产于南洋群岛的热带地区。

3、颜色、纹理不同：大叶紫檀新切面的颜色为桔红色，久后变深紫，带黑色条纹，有酸香气；小叶紫檀的新切面通常为橘黄色，日久为深红深紫色，弦切面常见状如牛毛细小，且略为扭曲的木材导管。