有，位置不同。东莞站位于东莞市石龙镇和茶山镇交界处，在广深铁路上，原石龙火车站南移后，更名为东莞站，停靠往湖南方向的管内列车和广深城际列车，距离东莞市区较近。东莞东站，位于东莞市常平镇土塘社区。在京九铁路上，停靠京九铁路线上往江西、安徽、河南、山东方向的列车，距离东莞市区较远。