“一支铅笔”和“一枝铅笔”都可以。
“支”作量词时有下列五种用法：
1、用于队伍等。如“一支军队”、“一支管弦乐队”、“三支小分队”。
2、用于歌曲或乐曲。如“两支曲子”、“一支新歌”。
3、用于电灯的光度。如“四十支烛光”、“二十五支光的灯泡”。
4、纱线粗细程度的计算单位。如“100支纱”、“80支纱汗衫”。
5、用于杆状的东西。如：“一支毛笔”、“三支枪”。
“枝”作量词时有下列两种用法：
1、用于带枝子的花朵。如“一枝梅花”、“两枝桃花”。
2、用于杆状的东西。如“一枝蜡烛”、“两枝铅笔”。