在显微镜下细菌，放线菌，酵母菌，霉菌主要差别如下：

1.细菌：为细而短的单细胞微生物，主要形态有：球、杆、螺旋状等。部分杆菌可形成芽孢。

2.放线菌：存在分枝丝状体和菌丝体，有孢子丝和孢子。?

3.酵母菌：单细胞，菌体呈圆球、卵形或椭圆形，少数呈柠檬形、尖形等。菌体比细菌大几倍到几十倍。

4.霉菌：菌丝和孢子的宽度通常比细菌和放线菌粗得多，常是细菌菌体宽度的几倍到几十倍，在低倍镜下即可看到，并还可看到孢子囊梗、囊轴、孢子囊、包囊孢子等。