深圳书城南山店一共有五层，一层是公共休闲场所，书城会组织一些亲子活动，读书活动，然后在一楼有一些商店。

二楼到四楼是书城的售书楼层，二楼售买中医、计算机、建筑等书籍。三楼售卖文学、哲学、法律等书籍;四楼售卖教育、少儿、外语等书籍。

五楼是弘文艺术公司以及书城的培训机构。