大肠菌群指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌，这些细菌在生化及血清学方面并非完全一致，一般认为该菌群细菌可包括大肠杆菌，枸橼酸杆菌，产气克雷白氏菌和阴沟肠杆菌等。

大肠菌群主要包括畅杆菌科中韵埃希氏菌属、柠檬酸杆菌属、魔雷伯氏菌属和肠杆菌属。这些属的细菌均来自于人和温血动物的肠道，需氧与兼性厌氧，不形成芽孢；在35～37℃条件下，48 小时内能发酵乳糖声酸产气，革兰氏阴性。