目前，山东协和学院设有机电工程学院、建筑工程学院、计算机学院等13个二级院（部），开设土木工程、计算机科学技术等本科专业30个，商务英语、临床医学等专科专业41个。其中，临床医学专业、护理专业、护理学专业是省级特色专业。学校是省财政支持的民办本科特色名校建设单位。

有计算机、外语、教育科学学院，经济管理、建筑工程、医学、护理、机电工程等。