两者语序不同。

where it is是陈述语序，常用于宾语从句中。例如：

Excuse me, could you please tell me where it is? 打扰一下，请你告诉我它在哪里好吗？

It's on the desk. 它在书桌上。

Where is it?是疑问语序，意为“它在哪里？”例如：

Where is it? 它在哪里？

It's in the classroom. 它在教室里。