山东交通学院2009年获批山东省第一批研究生联合培养基地。2011年学校成为“全国高校毕业生就业50强”典型经验高校，被国务院学位委员会批准为培养硕士专业学位研究生试点工作单位。目前有2个专业领域招收专业学位硕士研究生，即交通运输工程、船舶与海洋工程。