《男子游泳部》讲的是：

小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥和好朋友橘真琴升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚重逢。

三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。