大学生毕业论文中脚注与参考文献是两个不同的内容，具体区别如下：

1. 脚注：脚注是在论文中出现的注释信息，用于对论文内容进行解释、补充和引用。脚注放置于论文正文的下方，一般用较小的字体，配以***数字或者带括号的数字来标注。

2. 参考文献：参考文献是对论文中引用的文献信息的一种规范化表达。参考文献按照一定的格式排列，一般包括文献的作者、书名、出版社、出版年份等信息。论文中所有引用的文献都要在参考文献中列出，以便读者查找相关的文献来源。

简而言之，脚注是对论文内容的补充、解释和引用，通常出现在论文正文的下方，而参考文献则是对论文中所引用的文献的规范化表达，通常出现在论文末尾的“参考文献”部分。