分子轨道通常会以原子轨道线性组合（LCAO-MO法）表示，尤其是在进行定性或近似分析的时候。

它们的宝贵之处在于对分子键结提供了简单的模型，使之能透过分子轨道理论了解。现今大多数用于计算化学的方法由计算系统的MO开始。分子轨道描述一个电子在原子核产生的电场中的表现，以及与其他电子的平均分布。根据泡利不相容原理，两个电子占据相同轨道时，必须具有相反的自旋。

这注定只是一个近似值，能够高度精准描述的分子电子波函数并没有轨道。