区别如下：

一、性质不同：

1、学生会是学校党委领导下、团委指导下的主要学生组织。

2、团总支是中国共青团的总支部委员会，是在党委和共青团团委领导下的青年团总支部委员会。

二、基本任务不同：

1、学生会维护校规校纪，倡导良好的校风、学风，促进同学之间、同学与教职员工之间的团结。协助学校建设良好的教学秩序和学习、生活环境；组织同学开展有益于成长成才的自我服务活动，协助学校解决同学在学习和生活中遇到的实际问题等。

2、团总支主持召开团支部书记会议，传达党总支和上级团组织的指示精神和决议，研究和部署团总支的各项工作任务；主持制定团总支工作计划并要定期总结团总支工作，经常向党总支和上级团组织反映情况，汇报和请示工作等。