历史上的祈年殿匾额上“祈年殿”三字是用满、汉两种文字写的，但1935年民国时期修缮时，仅剩下了汉文。2006年修缮后，祈年殿匾、皇乾殿匾、祈年门匾三块匾额上的文字仍旧只有汉文，并未恢复满文。

清乾隆十六年（1751）改三色瓦为统一的蓝瓦金顶，定名祈年殿。应该是乾隆题写满汉文匾额。

清光绪15年（1889）8月24日，天坛祈年殿遭雷击焚毁，事后光绪皇帝命刑部尚书麟书、工部尚书潘祖荫负责重建。光绪二十二年（1896年）重建工程竣工。