1、原理不同

指令：控制器按指令指令指令机器。人们用指令表达他们的意图，并把它们交给控制者执行。计算机可以执行的一整套不同的指令称为计算机的指令系统。每台计算机都有自己的专用指令系统，其指令内容和格式也各不相同。

程序：计算机需要加载代码，也需要加载数据。在计算机的底层，通过高级语言例如Java，C/C++，C#等）将其翻译成机器语言，并由CPU加载。

2、所含内容不同

指令：包括两个方面：操作码和操作数，它们决定了要完成的操作。

（1）操作员是指执行操作的设备的数据和地址。

（2）在计算机中，操作要求和操作数地址用二进制数字表示，分别称为操作码和地址码。整个指令以二进制编码的形式存储在内存中。

程序：以某些程序设计语言编写，运行于某种目标结构体系上。打个比方，程序就如同以英语（程序设计语言）写作的文章，要让一个懂得英语的人（编译器）同时也会阅读这篇文章的人（结构体系）来阅读、理解、标记这篇文章。

两者均有指示之意，但用法上还是有区别的，尤其是命令，要比指令强硬些。

指令（名）①指示；命令：下达～。②旧时的一种公文，上级机关因下级机关呈请而有所指示时称为指令。

例句：财务管理更多的是规范管理，不宜过度创新。所以财务管理的要点，一是要按照财务制度办事，二是要在制度规范下服从老板的～，三是要起到监督作用。短语：正确的～。明确的～。

命令，（名）上级对下级的指示：团部下达了两道～。②（动）上级指示下级：连长～一排担任主攻。［近］指令|指示。