一艘木船：艘说明此时此刻海面出现的是比较大的船；

一条木船：说明此时此刻海面出现的有可能是渔船也有可能是出海地游玩船；

总结汉字造字法上来说，它们使用不同的量词，产生的效果有时候也会不相同的，就要看在什么语境中使用。