食品微生物学（food microbiology），是微生物学的分支学科，主要研究微生物与食品制造、保藏等方面内容的一门科学。

该学科涉及病毒、细菌、真菌多种微生物，除研究这些微生物的一般生物学特性外，还探讨它们与食品有关的特性。

随着微生物学及生命科学的迅速发展，食品微生物学也从中获得了许多新的知识和新的技术，并应用这些新知识和新技术来生产更多富有营养和安全的食品。