南通航运职业技术学院有很多优秀的专业，其中最好的专业包括船舶机械工程技术、航海技术、港口机械与自动控制、船舶工程技术、轮机工程技术、港口与航运管理、港口与航道工程技术、国际邮轮乘务管理、船舶电子电气技术、商务英语等。这些专业都是学校的重点专业，拥有完备的教学设施和优秀的师资力量，为学生提供良好的学习环境和就业机会。

此外，南通航运职业技术学院还有许多其他优秀的专业，如机械设计与制造、汽车检测与维修技术、航空电子电气技术等。这些专业也具有良好的教学和实践条件，能够满足不同领域的需求。

总的来说，南通航运职业技术学院有很多优秀的专业，选择哪个专业最好要根据个人的兴趣和职业规划来决定。