2002年9月，崇雅中学高中部异地新建，与初中部分离办学。

崇雅新校区设有崇雅中学高中部、崇雅实验学校两所学校，实行初、高中一贯制办学，现有高中班级74个、高中学生4800人，初中班级34个、初中学生1800人。

崇雅中学2003年底被评为广东省一级学校，2006年4月通过国家级示范性高中初期验收，2007年3月通过终评，成为珠三角及粤东地区第一所国家级示范性高中和省普通高中教学水平优秀学校。