学院前身内蒙古工业学校，创建于1952年9月，原名扎兰屯工业学校。1953年7月经内蒙古自治区***工业部批准更名为"内蒙古工业学校 "，1956年8月由扎兰屯迁到呼和浩特现址至今，是新中国成立后内蒙古自治区成立的第一所工科类中等专业学校。2003年5月经自治区人民***批准，独立升格为高等职业技术学院，更名为内蒙古机电职业技术学院，隶属于自治区教育厅。2006年根据自治区党委、***的统一要求，将成立于1956年的原内蒙古水利学校整体并入内蒙古机电职业技术学院，使学院的办学空间和专业领域进一步拓展，办学实力明显增强。

建校56年来，共培养出27000多名毕业生。