山西省农科院有21个研究所。山西省农科院下设21个专业研究所和5个研究中心。院内拥有2个省级重点实验室、4个省级重点学科点和3个硕士学位授予点，一个博士后科研工作站和一个国家级引进国外智力示范推广基地。下设科研机构包括(新) 、蔬菜研究所(新) 、农业科技信息研究所(新) 、玉米研究所(新) 、 高粱研究所谷子研究所、农业环境与资源研究所、生物技术研究中心、园艺研究所、经济作物研究所等。