南京工程学院是二本院校。

根据近年南京工程学院在各地录取批次得知，南京工程学院在河南、安徽等省为第一批次录取，因此通常认为南京工程学院是一本大学；而在四川、贵州、陕西、宁夏、广西、江西、黑龙江、山西、甘肃、云南等省是第二批次招生，因此又可以说南京工程学院是二本院校。综上所述。

南京工程学院在各省招生批次不同，在江苏是本科一批招生，我们可以说南京工程学院是一本大学。在江苏以外，南京工程学院是本科二批招生，也可以说南京工程学院是二本大学。